Marco Vismara, il padre biologico di Sofia, viene trovato a terra per strada: qualcuno l'ha mandato in coma e i carabinieri iniziano ad indagare ma le prove materiali sembrano ricondurre a Sebastiano. Don Matteo inizia ad indagare per scagionare il ragazzo. Nel frattempo, il maresciallo Cecchini si convince che Zappavigna abbia un'amante e, insieme al PM Nardi, escogita un piano per "smascherarlo". Dopodiché si scopre che in realtà è il fratellastro perché il padre di Romeo ha messo incinta la presunta amante ed ex babysitter di Zappavigna e da lì è nato il bambino che lui sostiene solo economicamente. Tuttavia, a causa dell'equivoco, viene lasciato da Assuntina.