Het speelt zich af in 2059, vijf decennia na het Space War I-conflict uit het eerste Macross-verhaal. Macross Frontier, de 25e superlangeafstandskolonisatievloot van de New Macross-klasse, reist door de Melkweg naar een nieuw paradijs om thuis te noemen. Het is echter in staat van oorlog verwikkeld met een vreemde vijand genaamd Vajra. Ozma Lee, de leider van de S.M.S. Het Skull Team dat aan de frontlinie tegen de Vajra vecht, komt op een dag een mysterieuze levensvorm tegen die zelfs anders is dan de Vajra. Deze mysterieuze levensvorm laat een archiefvideo achter van de Macross 7-kolonisatievloot met Ozma, Ranka en Sheryl.