Noughts and Crosses finder sted i en alternativ virkelighed, hvor racemæssig segregation dominerer. Serien fortæller historien om Sephy Hadley, som er en del af den herskende, sorte klasse "Crosses", og hendes barndomsven, Callum McGregor, som tilhører den hvide underklasse ”Noughts”. På samme tid som fordomme, mistro og oprør eskalerer, opstår der mere end venskabelige følelser mellem de to hovedpersoner.